Du är Rico Rodriguez - en CIA-agent som jobbar under täckmantel. Ditt jobb är att avsätta den korrupta ledningen på ön San Esperito och det är upp till dig hur du väljer att göra det. Organisera rebeller, få olika brottssyndikat att slåss mot varandra eller slut allianser med rebellerna eller syndikaten. Spelet utspelar sig i ett område som är över 500 kvadratkilometer stort och du kan köra bil, åka båt eller flyga flygplan för att ta dig runt.